ايشان، عادت به نماز با حضور قلب را از كودكي كسب كرده است.
شاگردش چنين نقل مي كند:

خیلی روزها من سعی می‌کردم کارهایم را طوری تنظیم کنم که در خانه و پشت‌سر شهید صدر نماز را به جماعت اقامه کنم. ایشان بسیاری اوقات در محل نماز خودش می‌نشست و من هم پشت‌سرش می‌نشستم تا او نمازش را آغاز کند و من اقتدا کنم. گاهی می‌شد که وقت نماز می‌رسید و حتی بیشتر از نیم ساعت از آن هم می‌گذشت و شهید صدر همچنان در محل نماز خود نشسته و سرش را پایین انداخته بود و فکر می‌کرد. بعد ناگهان از جا برمی‌خاست و نماز را به‌جا می‌آورد.
این قبیل مسائل باعث شد یک روز از ایشان بپرسم دلیل این کار چیست. شهید صدر جواب داد: «من از کودکی با خودم عهد کرده‌ام که فقط با حضور قلب و خشوع نماز بخوانم، برای همین بعضی وقت‌ها مجبورم آن‌قدر منتظر بمانم که بتوانم افکار داخل ذهنم را بیرون بریزم و خلوص و خشوع برایم ایجاد شود و بعد نماز را اقامه کنم».

کتاب شرح‌صدر، صفحه۱۷۲