نماز امام هادی (علیه السلام) دو ركعت است، در ركعت اول سوره حمد و سوره يس و در ركعت دوم سوره حمد و سوره الرحمن خوانده می شود.

دعای بعد از نماز آن حضرت:

يا بارُّ يا وَصُولُ يا شاهِدَ كُلِّ غاَّئِبٍ وَ يا قَريبُ غَيْرَ بَعيدٍ وَ يا غالِبُ غَيْرَ مَغْلُوبٍ

اى نيكوكار و اى با همه پيوسته و اى گواه هر ناپيدا و اى نزديكى كه دور نيست و اى پيروز شكست ناپذير

وَ يا مَنْ لايَعْلَمُ كَيْفَ هُوَ اِلاّ هُوَ يا مَنْ لاتُبْلَغُ قُدْرَتُهُ

و اى كسى كه جز او كسى نمى داند كه او چگونه است و اى آن كه به قدرتش نتوان رسيد

اَسْئَلُكَ اَللّهُمَّ بِاسْمِكَ الْمَكْنُونِ الْمَخْزُونِ الْمَكْتُومِ عَمَّنْ شِئْتَ

از تو مى خواهم خدايا به آن نامت كه در پرده (غيبت) مستور و در خزينه ات محفوظ و از آن كه خواسته اى مكتوم داشته اى

الطّاهِرِ الْمُطَهَّرِ الْمُقَدَّسِ النُّورِ التّاَّمِّ الْحَىِّ الْقَيّومِ الْعَظيمِ نُورِ السَّمواتِ وَ نوُرِ الاَرَضينَ

آن نام پاك و پاكيزه و مقدس و نورانى كامل، (و آن) زنده و پاينده و بزرگ، نوربخش آسمان ها و نور ده زمين ها

عالِمِ الْغَيْبِ وَالشَّهادَةِ الْكَبيرِ الْمُتَعالِ الْعَظيمِ صَلِّ عَلى مُحَمَّدٍ وَ آلِ مُحَمَّدٍ

داناى ناپيدا و پيدا آن بزرگ والامقام و عظيم درود فرست بر محمد و آل محمد.

منبع: شيخ عباس قمي، مفاتيح الجنان، مهر ثامن الائمه، چاپ سوم، اصفهان 82، ص 96.